中國電子口岸較之現行的口岸管理模式具有不可比擬的優越性：
一、一個公共數據中心，集中存放電子底帳，信息資源共享。以前，企業想要和政府部門聯網，必須分別聯網，政府部門之間數據不共享，聯網的效果不明顯。通過中國電子口岸，企業只要與電信公網連接，就可以透過公共數據中心在網上直接向海關、國檢、外貿、外匯、工商、稅務等政府管理機關申辦各種進出口手續，各政府部門也可以在網上辦理各種審批手續，從而真正實現了政府對企業的“一站式”服務。透過數據中心，企業還可以獲得運輸、倉儲、銀行、保險等行業的中介服務，企業間也可以進行聯網，從而實現真正意義上的電子商務。
二、完全基于公網，系統開放性好，提供全天候、全方位服務。企業利用電信公網實現對公共數據中心的接入訪問，企業在任何時候、任何地方只要撥打本地電話就可以與Internet聯網，并透過數據中心辦理業務。
三、入網成本低。登錄中國電子口岸網站，企業只需配備一些簡單設備，數據中心提供免費的系統安裝軟件，比EDI 方式成本低。而且，相關管理部門提供免費技術、業務支持，企業將得到更多的實惠。
四、系統直觀、易學，操作簡單。中國電子口岸以Windows操作系統為平臺，普遍應用的IE等瀏覽器為工具，建立起和用戶交互式的友好界面，系統提供一系列豐富的在線幫助和業務規范、操作指南查詢，使用戶輕松實現網上辦公。
五、多重嚴密的安全防護措施使系統安全可靠。中國電子口岸采用了國際標準和國內自主開發的高強度密碼設計，在網傳加密、網絡隔離防護、機房設施安全以及身份認證、權限設置以及數字簽名等安全方面采取了多重嚴密的安全防護措施，防黑客、防病毒、防偷窺、防抵賴。并且，該系統由政府部門直接管理，處在政府部門嚴密管理下，安全有保證。

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